We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
A konformációs elemzés
- meghatározás
- Egy molekula fizikai, kémiai és biológiai tulajdonságai szorosan összefüggenek 3D szerkezetével, konformációjával. A "konformációelemzés" kifejezés alatt (engl. konformációs analízis) olyan tanulmányok, amelyek egy molekula konformációjának a tulajdonságaira gyakorolt hatásával foglalkoznak.
A modern konformációs elemzés fejlődése D.H.R. Barton, aki 1950-ben elsőként mutatta be, hogy a szubsztituált ciklohexánok reakcióképessége a szubsztituensek ekvatoriális vagy axiális elrendeződésétől függ.A molekula konformációját kezdetben kizárólag atomjainak térbeli elrendeződésében határozták meg, ami az egyes kötés körüli forgatással más konformációra változtatható át. Manapság ezt a definíciót kibővítették, mivel a konformáció változása gyakran a kötés hosszának és szögének változásával vagy a kötés körüli elfordulással társul konjugált rendszerekben.
A konformáció keresése (konformációs keresés)
a konformációs analízis egyik fő kérdése, és leírja a kísérletet egy molekula előnyös konformációjának megtalálására. Ez általában azt jelenti, hogy azonosítani kell azt a szerkezetet, amelynek az energiafelületén minimumok vannak. Az energiaminimalizálási módszerek ezért nagyon fontosak a konformációk keresésében.
A konformációs tér vizsgálata (konformációs tér) gyakorlatban
Ez a módszer azon a kérdésen alapul, hogy a szinte végtelen számú lehetséges konformáció közül melyek energetikailag kedvezőek egy molekula számára. Ennek a szisztematikus keresésnek a legegyszerűbb típusa (is gridsearch elnevezésű) a következőképpen történik:
- definiálja az összes forgatható kötést a molekulában
- minden kötéshossz és szög változatlan marad
- forgassa el az összes kötést 0-360°-kal rögzített lépésekben (például 10°-os vagy 30°-os lépésekben)
- hajtson végre egy energiaminimalizálást ezen konformációk mindegyikére
Példa erre rácskeresés az úgynevezett Ramachandran diagram, amely meghatározza a peptidekben található aminosavak lehetséges konformációit. A peptidekben lévő amidkötés benne van fordKonfiguráció esetén csak a φ és ψ szögek maradnak a szabad elforgatáshoz. G.N. Ramachandran e két változó függvényében számította ki az energiafüggvényeket, és elsőként mutatta be, hogy egy peptid aminosavai csak bizonyos konformációkat tudnak felvenni.
- példa
Ramachandran diagramja egy alanin-dipeptidnek (balra) és egy glicin-dipeptidnek (jobbra). Az alaninnal ellentétben a glicin aminosavnak nincsenek oldalláncai, amelyek befolyásolnák a φ és ψ szögek körüli elfordulást, ezért több lehetséges konformációt is felvehet.
Irodalom
| Barton, D. H. (1950):A szteroid mag konformációja. Ban ben: Experimenta. 3, 316-320 |
| Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasiekharan, V. (1963):A polipeptid lánc konfigurációk sztereokémiája. Ban ben: J. Mol. Biol.. 7, 95-99 |
Whether to kill, I don't know.
Many thanks for an explanation, now I will not commit such error.
I recommend that you visit the website which has many articles on the subject of interest to you.
Egyetértek, egy csodálatos mondat
Ma egyáltalán személyes üzenetek küldnek?