Kémia

Molekuláris modellezés

Molekuláris modellezés


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

A konformációs elemzés

meghatározás
Egy molekula fizikai, kémiai és biológiai tulajdonságai szorosan összefüggenek 3D szerkezetével, konformációjával. A "konformációelemzés" kifejezés alatt (engl. konformációs analízis) olyan tanulmányok, amelyek egy molekula konformációjának a tulajdonságaira gyakorolt ​​hatásával foglalkoznak.

A modern konformációs elemzés fejlődése D.H.R. Barton, aki 1950-ben elsőként mutatta be, hogy a szubsztituált ciklohexánok reakcióképessége a szubsztituensek ekvatoriális vagy axiális elrendeződésétől függ.A molekula konformációját kezdetben kizárólag atomjainak térbeli elrendeződésében határozták meg, ami az egyes kötés körüli forgatással más konformációra változtatható át. Manapság ezt a definíciót kibővítették, mivel a konformáció változása gyakran a kötés hosszának és szögének változásával vagy a kötés körüli elfordulással társul konjugált rendszerekben.

A konformáció keresése (konformációs keresés)

a konformációs analízis egyik fő kérdése, és leírja a kísérletet egy molekula előnyös konformációjának megtalálására. Ez általában azt jelenti, hogy azonosítani kell azt a szerkezetet, amelynek az energiafelületén minimumok vannak. Az energiaminimalizálási módszerek ezért nagyon fontosak a konformációk keresésében.

A konformációs tér vizsgálata (konformációs tér) gyakorlatban

Ez a módszer azon a kérdésen alapul, hogy a szinte végtelen számú lehetséges konformáció közül melyek energetikailag kedvezőek egy molekula számára. Ennek a szisztematikus keresésnek a legegyszerűbb típusa (is gridsearch elnevezésű) a következőképpen történik:

  1. definiálja az összes forgatható kötést a molekulában
  2. minden kötéshossz és szög változatlan marad
  3. forgassa el az összes kötést 0-360°-kal rögzített lépésekben (például 10°-os vagy 30°-os lépésekben)
  4. hajtson végre egy energiaminimalizálást ezen konformációk mindegyikére

Példa erre rácskeresés az úgynevezett Ramachandran diagram, amely meghatározza a peptidekben található aminosavak lehetséges konformációit. A peptidekben lévő amidkötés benne van fordKonfiguráció esetén csak a φ és ψ szögek maradnak a szabad elforgatáshoz. G.N. Ramachandran e két változó függvényében számította ki az energiafüggvényeket, és elsőként mutatta be, hogy egy peptid aminosavai csak bizonyos konformációkat tudnak felvenni.

példa

Ramachandran diagramja egy alanin-dipeptidnek (balra) és egy glicin-dipeptidnek (jobbra). Az alaninnal ellentétben a glicin aminosavnak nincsenek oldalláncai, amelyek befolyásolnák a φ és ψ szögek körüli elfordulást, ezért több lehetséges konformációt is felvehet.

Irodalom

Barton, D. H. (1950):A szteroid mag konformációja. Ban ben: Experimenta. 3, 316-320
Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasiekharan, V. (1963):A polipeptid lánc konfigurációk sztereokémiája. Ban ben: J. Mol. Biol.. 7, 95-99


Videó: Az aktin és a miozin az izomösszehúzódás molekuláris alapja (Július 2022).


Hozzászólások:

  1. Offa

    Whether to kill, I don't know.

  2. Devonn

    Many thanks for an explanation, now I will not commit such error.

  3. Haralambos

    I recommend that you visit the website which has many articles on the subject of interest to you.

  4. Donahue

    Egyetértek, egy csodálatos mondat

  5. Yozshulabar

    Ma egyáltalán személyes üzenetek küldnek?



Írj egy üzenetet